يعد المركز الوطني للموارد المائية مؤسسة عمومية ذات طابع إداري، أُنشئ بموجب المرسوم رقم 0077/2001 بتاريخ 12 يوليو 2001، ويخضع لوصاية وزارة المياه والصرف الصحي.
يُدار المركز من قبل مجلس إدارة مكوّن من سبعة أعضاء ورئيس.
يترأس CNRE مديرٌ، يعاونه مدير مساعد ومستشاران (تقني وقانوني). ويضم المركز خمسة أقسام هي:
- قسم الدراسات والتقييم (SEE)
- قسم المتابعة والجرد والإدارة (SIG)
- قسم الموارد البشرية والمعدات (SPM)
- قسم التوثيق والمعلومات (SDI)
- قسم المحاسبة