تأتي هيكلة المركز الوطني للموارد المائية على النحو التالي:
الإدارة العامة : مدير - مدير مساعد
الاستشارية : مستشار فني - مستشار قانوني
الأقسام:
قسم الدراسات والتقييم (SEE)
قسم المتابعة والجرد والإدارة (SIG)
قسم الموارد البشرية والمعدات (SPM)
قسم التوثيق والمعلومات (SDI)
قسم المحاسبة